半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她...

マシロを護る事が出来なかったことを後悔しているアリカは、外出禁止とされ、行方不明のマシロを探しに行けず、もやもやしていた……。一方、ニナとナオはアルタイのベルーハ山に来ていた。前時代の遺跡に手がかりを求めて……。ところが遺跡の中は無数のトラップが仕掛けられていた。果たして二人は無事、遺跡の中枢へたどりつけるのか?!その頃、マシロは黒い谷から脱出出来ずにいる。三者三様の決意を胸に、新たな事件が起こる...